La última etapa del Real Valladolid comienza en junio de 1992, con el hecho más relevante vivido por todos los clubes de fútbol españoles a lo largo de su historia: su conversión en Sociedades Anónimas Deportivas. Durante aquella temporada 91/92 se vivieron episodios cruciales en la historia del Club, con su conversión en Sociedad Anónima Deportiva (S.A.D.), hasta el punto de que el descenso a Segunda División en aquella campaña quedó en segundo plano. Con Marcos Fernández Fernández como primer Presidente del Consejo de Administración del Real Valladolid, S.A.D. la entidad volvió a Primera División en la temporada 92/93.

El 9 de enero de 1998 Marcos Fernández Fernández falleció en Pozuelo de Alarcón (Madrid) y sus hijos tomaron el relevo en la gestión del Club, pero el 28 de abril de 2000, la familia Fernández Fermoselle vendió la totalidad de su paquete accionarial en el Club (90%) a un grupo inversor encabezado por Ignacio Lewin Fernández de Bugallal, quien asumió la Presidencia del Club el día 30 de mayo de 2000, si bien dimitió el 30 de abril de 2001. Desde entonces y hasta la actualidad, el presidente es Carlos Suárez Sureda.

En la temporada 03/04 el Real Valladolid desciende a Segunda División y en la campaña 06/07, tras una temporada brillantísima en la que batió todos los mejores registros de la categoría, retornó a la máxima categoría para la temporada 07/08.